在上一集《精灵鼠小弟》的故事发生2年之后，Little一家迎来了他们的又一个小宝宝：女儿玛萨。Little妈妈（吉娜·戴维斯）于是不自觉地把爱和关注全都倾注到这个新成员身上，有些忽视了乔治（休·劳瑞）和斯图尔特（迈克尔·J·福克斯）。而此时的斯图尔特正值青春期，妈妈的情感变化使情窦初开的他迫切需要新的感情寄托。

　　一天，在从学校开车回家的路上，一只被猎隼（詹姆斯·伍兹）追赶的鸽子不小心摔到了斯图尔特的车子里。在斯图尔特的帮助下，鸽子暂时摆脱了猎隼的追逐，一次惊心动魄的历险拉近了两个孤独心灵的距离。怀着感激之情，美丽的小鸽子自我介绍说她叫玛格罗（梅兰妮·格里菲斯），此时此刻，斯图尔特的心已经被她深深吸引，我们的鼠小弟恋爱了……